Năm 2003, nhằm đáp ứng nhu cầu học tập của học sinh trên  địa bàn phường và quy mô ngày càng phát triển của giáo dục và đào tạo Quận Sơn Trà nói riêng và thành phố Đà Nẵng nói chung, Ủy ban nhân dân Quận đã ra quyết định thành lập trường THCS Phạm Ngọc Thạch. Ngôi trường xinh đẹp, khang trang nếp mình bên dòng sông Hàn xanh mát, tọa lạc tại đường Nguyễn Trung Trực,  phường Nại Hiên Đông.

Mặc dù Trường còn khá trẻ - 17 tuổi. Thế nhưng, thực hiện lời Bác về sứ mệnh của người thầy: “Có gì vẻ vang hơn là nghề đào tạo những thế hệ sau này tích cực góp phần xây dựng đất nước?  Dù là tên tuổi không đăng trên báo, không được thưởng huân chương, song những người thầy giáo tốt là những người anh hùng vô danh...”. Ý thức được lời dạy của Bác, bằng tình yêu nghề cháy bỏng, các thế hệ giáo viên của trường đã nỗ lực vượt qua mọi khó khăn, từng bước nâng cấp cơ sở vật chất, cải tạo cảnh quan môi trường sư phạm; xây dựng văn hóa học đường; không ngừng phấn đấu, tích cực nghiên cức khoa học, đổi mới phương pháp dạy học; trau dồi chuyên môn nghiệp vụ, nâng cao chất lượng giáo dục toàn diện để đưa trường từng bước phát triển, lớn mạnh cả về quy mô và chất lượng dạy – học.

Trước đây, khi mới thành lập, trường còn thiếu thốn nhiều về cơ sở vật chất nhưng giờ đây cùng với sự phát triển của xã hội và sự quan tâm của địa phương, kết hợp với tinh thần lao động nhiệt tình của đội ngũ cán bộ, giáo viên, ngôi trường được xây dựng khang trang hơn, các phòng học, bàn ghế, trang thiết bị, dụng cụ học tập…của các em học sinh cũng được đầu tư đầy đủ để phục vụ cho việc dạy và học của thầy trò. Trường từng bước hoàn thiện cơ sở vật chất, rà soát, phấn đấu đạt các tiêu chí về trường chuẩn quốc gia. 

Hiện nay, Trường được thiết kế thành ba dãy nhà chính hình chữ U . Khu vực hiệu bộ có phòng hiệu trưởng, phòng họp tổ chuyên môn, các văn phòng đội,công đoàn. Hai dãy lớp học 2 tầng với các phòng học đạt chuẩn; gồm 14 phòng học được trang bị máy chiếu, máy tính và sử dụng phần mềm U- pointer trong giảng dạy, bảng viết, bàn giáo viên và bàn ghế phù hợp với vóc dáng học sinh. Ở Phòng tin học, tất cả máy tính đều được nối mạng để đảm bảo việc dạy và bồi dưỡng Tin học.Các phòng ban đều có máy tính nối mạng, để đảm bảo việc trao đổi phổ biến công việc.

 Số phòng bộ môn hiện có là 05 phòng, trong đó phòng bộ môn Hóa– Sinh; Vật lý và Thư viện đã đạt chuẩn theo QĐ 37/2008/QĐ-BGDĐT. Hệ thống các phòng thực hành: Lý – CN, Hóa – Sinh, Phòng học Tin học; phòng thiết bị, thư viện và các phòng chức năng được sắp xếp khoa học, có đủ các trang thiết bị đáp ứng tốt nhu cầu dạy, học và các hoạt động của nhà trường. Nhà trường cũng chỉ đạo các tổ chuyên môn phát huy hiệu quả trang thiết bị đồ dùng dạy học có tại trường, 100 % giáo viên lên lớp phải có đồ dùng dạy học. Các tổ chuyên môn đề xuất với ban giám hiệu, lập dự trù kinh phí để làm đồ dùng dạy học nếu còn thiếu,  tự làm phục vụ tốt cho công tác giảng dạy. Cán bộ phòng bộ môn luôn kiểm tra việc cho mượn, sử dụng đồ dùng dạy học, do vậy chất lượng giảng dạy ở các bộ môn được nâng cao, phục vụ việc đổi mới phương pháp giảng dạy, hạn chế tối đa phương pháp đọc chép. Thư viện trường có hàng ngàn đầu sách với đầy đủ mọi lĩnh vực như vật lý, toán học, ngữ văn, du lịch, sức khỏe, tự nhiên xã hội và con người. Thư viện phục vụ bạn đọc nhiệt tình, thường xuyên tổ chức giới thiệu sách mới cho học sinh toàn trường tạo không khí học tập thi đua sôi nổi trong học sinh.

Sân trường rộng với nhiều loại cây xanh như cây phượng, cây bàng,... được trồng rộng khắp, tạo bầu không khí trong lành. Dưới mỗi gốc cây có đặt các ghế đá cho học sinh ngồi hóng mát và thư giãn trong giờ ra chơi.Sân trường rộng chính là điều kiện lý tưởng cho những buổi tập trung, mít tinh của trường,... Tất cả góp phần tạo môi trường giáo dục trong lành; Cảnh quan sư phạm “ Xanh – Sạch – Đẹp – An toàn – Thân thiện”.

 Theo thời gian, số lượng cán bộ giáo viên và học sinh ngày càng tăng. Trường có đội ngũ ban giám hiệu, công nhân viên, các thầy giáo, cô giáo đều tâm huyết với nghề, có chất lượng giảng dạy và giáo dục cao, tận tụy với công việc, tất cả vì tương lai của học sinh. Năm học 2019 - 2020, Tổng số cán bộ, nhân viên của trường là 70. Trong đó, Ban Giám hiệu gồm 3 đồng chí; chất lượng đội ngũ GV đạt chuẩn: 100%, (có: Thạc sĩ: 9, Đại học: 53 Cao đẳng: 1)  

Mỗi năm trường đón nhận hơn ba trăm  học sinh đã hoàn thành chương trình tiểu học từ trường Hai Bà Trưng và Tô Vĩnh Diện. Quy mô đào tạo của trường là hơn một nghìn học sinh. Không phụ công dạy dỗ, tình yêu thương của các thầy cô giáo yêu nghề, mến trẻ, nhiệt tình, năng động, sáng tạo, tích cực đổi mới phương pháp giảng dạy; kết quả học tập của học sinh  những năm gần đây luôn đạt một số thành tích cao hơn so với các  năm học trước, riêng năm học 2019 – 2020 trường đạt các thành tích sau:

 - Thi khoa học kỹ thuật: đạt 2 giải cấp quận: 1 giải nhì, 1 giải ba

- Thi học giỏi cấp thành phố: đạt 17 giải. 1 giải nhất: 1 giải nhì, 3 giải ba, 12 khuyến khích

- Thi tin học trẻ: 01 giải ba cấp TP.

- Thi thiết kế bài giảng E-Learning ở các tổ chuyên môn, có 8 sản phẩm dự thi cấp thành phố (đạt 01 giải nhì, 01 giải ba, 02 khuyến khích).

- Hội Khoẻ Phù Đổng: Giải đồng đội: 1 giải nhất bóng đá nam, 1 giải ba bóng đá nữ, 1 giải nhì bóng rổ nam, 1 giải nhì bóng chuyền, 1 giải ba chạy tiếp sức. Giải cá nhân: 1 giải nhất cầu lông, 1 giải nhì nhảy xa, 1 giải ba nhảy cao, 1 giải ba đá cầu.

Không chỉ chú trọng dạy chữ, nhà trường luôn quan tâm “dạy người”: đổi mới nội dung giáo dục đạo đức, lối sống, giáo dục truyền thống, trang bị Kỹ năng sống zcho học sinh qua các buổi sinh hoạt tập thể, hoạt động ngoại khóa, hoạt động ngoài giờ lên lớp; trải nghiệm sáng tạo đem đến cho học sinh nhiều sân chơi bổ ích, hấp dẫn với những hình thức phong phú, mới mẻ. Trường đã tổ chức các hoạt động ngoại khóa, văn nghệ theo yêu cầu giáo dục truyền thống và giáo dục thẩm mỹ đúng đắn cho học sinh thông qua các buổi sinh hoạt dưới cờ và phối kết hợp cùng tổ chức Tầm Nhìn Thế Giới tổ chức nhiều hoạt động nhằm nâng cao phát triển phẩm chất cho học sinh.

Đồng thời, Nhà trường có cán bộ y tế chuyên trách, phòng y tế của trường thường xuyên hoạt động trong các giờ học chính khóa. Trường đã đầu tư đóng thêm tủ thuốc, sửa lại phòng y tế, mua thêm các loại thuốc sơ cấp cứu thông dụng trang bị thêm cho phòng y tế. Phối hợp với TTYT dự phòng quận Sơn Trà, tổ chức khám sức khỏe  cho tất cả học sinh.

Trường phạm Ngọc Thạch không chỉ đơn thuần là nơi dạy và học mà còn là mái nhà thứ hai, nơi có sự gắn bó vô cùng đặc biệt - luôn mãi là niềm tin, là nơi chắp cánh bao ước mơ, hy vọng cho các em học sinh. Tự hào về ngôi trường mang tên Phạm Ngọc Thạch; phát huy truyền thống Dạy tốt - học tốt, các thế hệ thầy và trò của nhà trường vẫn không ngừng phấn đấu vượt khó vươn lên, rèn đức, luyện tài viết tiếp */

hững trang vàng truyền thống của nhà trường”, để Trường THCS Phạm Ngọc Thạch thực sự là “địa chỉ tin cậy” của tất cả các bậc phụ huynh; nơi ươm mầm tài năng, chắp cánh ước mơ của tất cả các em học sinh đã hoàn thành chương trình giáo dục tiểu học trên địa bàn quận Sơn Trà và thành phố Đà Nẵng với thông điệp: “Đoàn kết- Sáng tạo – Chất lượng – Hiệu quả”